Hunter x Hunter parla di un ragazzino di nome Gon Freecss. Tutto ha inizio quando Gon, nella foresta attorno a casa sua, incontra un giovane Hunter di nome Kaito, del quale rimane molto colpito. Egli racconta a Gon che è in viaggio per completare la prova finale del suo addestramento da Hunter, che consiste nel trovare e raggiungere il suo maestro. Il ragazzo spiega a Gon che il suo maestro è il più grande Hunter del mondo e, da numerosi indizi nel racconto, egli capisce che quel maestro è in realtà il suo sconosciuto padre, del quale non ha mai avuto notizie, anche perché sua zia Mito gliele ha sempre negate. Il giovane, prima di partire, regala a Gon una licenza di Hunter, che si scoprirà essere appartenuta a suo padre. Scoperta finalmente una traccia verso il padre, Gon decide, contro il parere della zia Mito, di partecipare all’annuale esame per diventare anch’egli un Hunter, nella speranza di ritrovarlo.

Imbarcatosi sulla nave che l’avrebbe portato sul luogo dove si sarebbe svolto l’esame, Gon conosce dei giovani aspiranti Hunter come lui, che diventeranno i suoi migliori amici: Leorio, desideroso di guadagnare soldi per poter svolgere la sua professione di medico chirurgico, e Kurapika (Curarpikt), che sta svolgendo l'esame per poter vendicare lo sterminio del suo clan. Proprio la nave si rivelerà essere la prima selezione dei canditati all’esame, che tutti e tre passano. Giunti al porto di Dorè, il capitano della nave consiglia a Gon di raggiungere un cipresso alto, che sarebbe la via più sicura per arrivare al luogo segreto dell'esame. Durante il loro tragitto, vengono messi alla prova dal quiz "a doppia scelta", un altro test d'ammissione all'esame. Tutti e tre passeranno di nuovo, grazie all'intuito e all'intelligenza di Kurapica. Giunti al cipresso, dove li aspettano una coppia di Navigatori, responsabili di selezionare gli esaminanti, vengono attacati una bestia mutaforma di nome Kiriko, che ferisce i Navigatori. Successivamente, grazie sopratutto alle straordinarie capacità di Gon, scoprono che era tutta una messinscena per metterli alla prova. Infatti i Kiriko erano 4, 2 dei quali sono i Navigatori, che porteranno i tre al luogo dell'esame (Zapan City).